1、磁盘分区容量区别
NTFS可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2TB（2048GB）,而Windows 2000中的FAT32支持分区的大小最大为32GB
2、单个文件容量区别
FAT32在实际运行中不支持单个文件大于4GB的文件，一旦超过容量限制那么系统就会提示磁盘空间不足。
NTFS就目前来说已经突破了单个文件4GB的容量限制，目前来说似乎没容量限制，只要硬盘空间容量有多大，那么就NTFS就可以分到多大。
因为现在的很多应用程序以及游戏大作都超过了4GB容量，因此用户必须将大程序安装的磁盘改成NTFS格式。
3、安全方面区别
可以针对电脑用户对该格式下所有的文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。此外，在磁盘分区下任意文件夹或文件上右键属性，在高级属性窗口中勾选中加密内容以便保护数据即可做到加密。
FAT32文件安全设置：不支持；NTFS文件安全设置：支持
4、磁盘配额的区别
在一台电脑有多个用户使用时，而作为系统管理员，可以给用户设置不同的磁盘空间容量，被设置用户只能使用这个被限额的磁盘空间。
如：管理员设置用户A的D盘磁盘配额为1GB，那么用户A在使用电脑时，E盘他只能用1GB的空间，多的用不了。
FAT32磁盘配额：不支持；NTFS磁盘配额：支持
5、磁盘利用率区别：
在Windows2000的FAT32文件系统的情况下,分区大小在2GB～8GB时簇的大小为4KB；分区大小在8GB～16GB时簇的大小为8KB；分区大小在 16GB～32GB时,簇的大小则达到了16KB。
而Win 2000的NTFS文件系统，当分区的大小在2GB以下时,簇的大小都比相应的FAT32簇小;当分区的大小在2GB以上时(2GB～2TB),簇的大小都为4KB。
相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盘空间，最大限度地避免了磁盘空间的浪费。
6、系统文件压缩的区别
在磁盘分区中任意文件中右键属性，我们在高级属性窗口中可以设置给单个文件或整个文件夹压缩，压缩之后可以一定程度上节省占用磁盘空间的容量大小。而且当对文件进行读取时，文件将自动进行解压缩；文件关闭或保存时会自定对文件进行压缩。
FAT32系统文件压缩：不支持；NTFS系统文件压缩：支持
图二：fat32格式
7、磁盘碎片方面的区别
从FAT16的文件系统格式，到之后的FAT32然后再到现在的NTFS文件系统格式，我们就会发现从磁盘分区的格式不同，那么所产品的磁盘碎片也是越来越小。
FAT32磁盘碎片：产生的磁盘碎片一般；NTFS磁盘碎片：产生的磁盘碎片较少
8.、现实应用中区别
NTFS目前多用于电脑、移动硬盘等各种大中型空间容量的磁盘。
FAT32却多用于U盘、内存卡等小型磁盘。
总结：NTFS文件系统与FAT32文件系统相比，功能更强大，适合更大的磁盘及分区，且磁盘利用率还很高，安全性与稳定性也要好很多的，想较FAT32是更为完善和灵活的文件系统。所以目前来说NTFS格式是首选了。
毕竟Win7系统已经不再支持FAT32格式了。